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PCR引物设计 选择一条具有完整编码区（CDS）的mRNA序列（每人1题），要求分析的序列含有5'-UTR、CDS及3'-UTR。 设计该基因的1对qPCR引物，扩增的PCR长度介于100-150 bp，引物长度介于19-21 bp；设计1对扩增CDS编码区的PCR引物，引物长度介于22-23 bp。 要求列出所分析序列的序列号，作业以PDF格式提交。
参考答案和解析
1、引物长度一般为15～30个核苷酸。过短影响PCR的特异性，过长会提高相应退火温度，使延伸温度超过TaqDNA聚合酶最适温度74℃，影响产物的生成。
2、引物的碱基尽可能随机，避免出现嘌呤、嘧啶碱基堆积现象。3’端不应有连续3个G和C。否则会使引物和模板错误配对。G+C含量一般占45％-55％。3’端和5’端引物具有相似的Tm值，Tm值计算公式：Tm＝4（G+C.+2（A+T）
3、引物自身不应存在互补序列以避免折叠成发夹结构。引物的连续互补序列，一般不超过3bp。
4、两个引物之间不应存在互补序列，尤其应避免3’端的互补重叠。
5、引物与非特异扩增区的序列的同源性不超过70％，引物3’末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。
6、引物3’端碱基是引发延伸的起点，因此一定要与模板DNA配对。引物3’端最佳碱基选择是G和C，形成的碱基配对比较稳定。
7、引物与模板结合时，引物的5’端最多可以游离十几个碱基而不影响PCR反应的进行。
8、引物的5’端可以修饰，如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地高辛标记其它短序列包括起始密码子、终止密码子等。
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关于聚合酶链反应(PCR)引物的叙述哪项正确？( )A、引物自身应该存在互补序列B、引物是一条人工合成的寡核苷酸片段C、在已知序列的模板DNA待扩增区两端各有一条引物D、引物序列与模板DNA的待扩增区互补E、引物的3′端可以被修饰
考题
关于PCR技术的扩展，下列叙述错误的是A、多重PCR是在一次反应中加入多种引物，同时扩增一份DNA样品中的不同序列B、筑巢法PCR可以大大提高PCR的效率，但PCR特异性降低C、利用反向PCR，可以扩增已知序列区间以外的序列D、利用不对称PCR，可以获得大量单链DNAE、共享引物PCR是利用3条引物来扩增两种不同的DNA序列，这种PCR常用于细菌学鉴定，确定同一种细菌的不同种类
考题
PCR是在引物、模板和4种脱氧核糖核苷酸存在的条件下依赖于DNA聚合酶的酶促合成反应。其中引物是按照与扩增区段两端序列彼此互补的原则设计的，因此每一条新生链的合成都是从引物的退火结合位点开始，并沿着相反链延伸合成的。PCR反应的特异性由下列哪一个因素决定？( )A、模板B、引物C、dNTPD、镁离子E、退火温度
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有关组特异性测序引物技术描述错误的是A、实验中选择特异性测序引物进行测序反应B、利用等位基因核苷酸碱基序列差异性设计测序引物C、测序反应引物只与其中一个等位基因的序列互补D、测序得到序列为与引物不互补的某个特定等位基因的序列E、常用于PCR-SBT方法中模棱两可结果的区分
考题
关于PCR引物设计的原理，下列叙述正确的是A、待扩增片段的序列是已知的，在片段两侧确定引物顺序B、引物长度一般为15～30个核苷酸，但也可多至50个左右C、引物中的碱基应随机分布，G＋C的含量宜在45%～55%D、引物内部不应形成二级结构，避免在链内存在互补的序列E、可以在引物的3′末端引入特定的酶切位点
考题
HIA基因分型法最常用的方法有A.PCR扩增产物直接测序
B.DDGE
C.PCR-SSCP
D.DNA-RFLP
E.PCR-序列特异性引物(sequene specific primer，SSP)分型法
考题
以下关于PCR的说法错误的是（）A、PCR反应必须要有模板、引物、dNTP和DNA聚合酶B、应用PCR技术可以进行定点突变C、PCR的引物必须完全和模板互补配对D、PCR反应中，仅介于两引物间的DNA片段得到大量扩增
考题
对于镰状细胞贫血病的突变机理可以采用的基因诊断方法不可以是（）。A、设计等位基因特异性引物进行PCRB、测序C、PCR与限制性核酸内切酶技术结合D、核酸分子杂交E、在突变位点两侧设计引物再电泳分析PCR产物长度变化
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关于聚合酶链反应（PCR）引物的叙述正确的是（）A、引物是一条人工合成的寡核苷酸片段B、引物序列与模板DNA的待扩增区互补C、在已知序列的模板DNA待扩增区两端各有一条引物D、引物自身应该存在互补序列E、引物的3’-端可以被修饰
考题
关于重组PCR定点突变和大引物突变法的叙述正确的是（）A、只能在DNA片段的特定部位产生突变B、不需要测序确定突变结果C、重组PCR定点突变法需要4种扩增，3轮PCR反应D、大引物法需要3种扩增引物，3轮PCR反应E、重组PCR定点突变法操作较大引物法简单
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单选题关于重组PCR定点突变和大引物突变法的叙述正确的是（）A
只能在DNA片段的特定部位产生突变B
不需要测序确定突变结果C
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大引物法需要3种扩增引物，3轮PCR反应E
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引物是一条人工合成的寡核苷酸片段B
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填空题简并引物PCR主要是根据蛋白质的氨基酸序列设计（）引物来合成相应的基因。
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