在公安边防大队级单位办理刑事案件过程中，当案件出现管辖争议或特殊情况时，如案件发生在两地或三地交界处等情形，应根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第17条第2款之规定，由共同的上级公安边防部门指定管辖。